saRNA序列设计与优化：

自复制RNA序列组成为：5’ 非编码序列（UTR）、非结构蛋白1-4（nsp 1-4）编码序列、亚基因组启动子（SGP）、目标蛋白编码序列、3’ UTR和polyA尾巴。其中目标蛋白编码序列由病毒结构蛋白编码区域替换而来，其他序列均来自于病毒基因组，这是当前主流的saRNA序列设计思路。

复制子RNA骨架：

目前，研究人员已尝试多种RNA复制子骨架应用于saRNA的设计，其中以甲病毒（alpha 病毒, alphaviruses）最为常见。

病毒缩写	病毒全称	NCBI Accession Number
VEEV_TrD	委内瑞拉马脑炎病毒	L01442
VEEV_TC83	委内瑞拉马脑炎病毒	L01443
TONV	托纳特病毒	NC_038675
CHIKV	基孔肯雅病毒	NC_004162
ONNV	O’nyong-nyong病毒	NC_001512
EEEV	东部马脑炎病毒	NC_003899
WEEV	西方马脑炎病毒	NC_003908
BFV	巴尔马森林病毒	NC_001786
MAYV	马亚罗病毒	NC_003417
RRV	罗斯河病毒	NC_001544
SFV	塞姆利基森林病毒	X04129
SINV	辛德比斯病毒	MG679378

VEEV复制子骨架：

2023年11月，全球首款saRNA新冠疫苗ARCT-154获日本厚生劳动省批准上市，预示着saRNA技术正式进入商业化阶段。ARCT-154采用了委内瑞拉马脑炎病毒（VEEV）复制子骨架序列，该平台技术由Arcturus Therapeutics自主开发，并与CSL合作推广。

以ARCT-154为例，VEEV复制子骨架的具体使用如下：

        帽结构：自复制RNA病毒基因组的5’UTR序列具有保守性，通常以AT起始，因此ARCT-154的5’末端为由GAT帽结构；

        5’/3’UTR：来源于委内瑞拉马脑炎病毒（VEEV）；

        非结构蛋白编码序列：VEEV来源的非结构蛋白编码序列nsp1、nsp2、nsp3、nsp4，进行了密码子优化；

        亚基因组启动子（SGP）：在VEEV基因组SGP的基础上进行了优化，插入了一段Kozak序列；

        结构蛋白编码基因：替换为ARCT-154的抗原编码基因，即新冠病毒SARS-Cov-2刺突蛋白（S蛋白）D614G突变序列；

        poly(A)：分段式的poly(A)，长度约130bp。

青鸟核酸saRNA设计平台：

青鸟核酸 RNASci 平台在VEEV基因组的基础上，设计了自复制 mRNA 骨架序列。基于专有的骨架序列，我们制备了荧光素酶 Luciferase saRNA（Luc saRNA）。将其转染至 293T 细胞中进行表达评估，结果显示，Luc saRNA介导的荧光素酶表达时间长达 20 天，明显高于 Luc mRNA。
青鸟核酸同时提供基于其他复制子骨架的saRNA序列设计与优化服务，例如SINV、SFV、CHIKV、VEEV-SINV 等来源的 saRNA 骨架。