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mRNA UTR的设计策略大致分为2种,目前两种设计方法在商业化mRNA疫苗的开发中均有应用。
其一是直接选取天然UTR序列,通常为靶细胞内高表达基因、或病毒来源UTR。常用的天然UTR序列通常来源于人alpha珠蛋白(HBA, α-globin)、人beta珠蛋白(HBB, β-globin)、白蛋白(ALB, Albumin)、人热休克蛋白70(HSP70)等。
其二是基于算法设计UTR序列,常用的方法有基于指数富集的配体系统进化技术(SELEX)全新设计5’UTR序列(以Moderna公司为代表)。
更多天然来源的UTR序列小伙伴们可直接在NCBI等网站查找。以α-珠蛋白为例,NCBI查询UTR序列的步骤为:NCBI官网(National Center for Biotechnology Information)进行查询,选择Gene查询,输入α-globin,选择人源(Homo sapiens (human))对应的基因序列,随后在基因组序列→工具→查看序列,在“序列预览窗口”中可看到,不同的序列元件被标识了不同的颜色,其中UTR序列背景为浅紫色(如图片中箭头所指示,编码区域的上游为5’UTR序列,下游为3’ UTR序列)。