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I型内含子PIE序列:

基于I型内含子序列的排列内含子-外显子(Permuted Intron-Exon, PIE)系统是长链RNA环化的主流方法,优化后的PIE环化平台能够实现80%以上的环化效率,支持8000 nt以下环状RNA(circRNA)的制备。

I型内含子概述

I型内含子包括10个结构域,命名为P1~P10。PIE结构的设计策略为:在P6区域分割I型内含子,将其右半部分(3’内含子和外显子2 [E2])和左半部分(E1和5’内含子)重新排列,并将目标RNA插入E2-E1中间。

I型内含子来源包括T4噬菌体(T4)、鱼腥藻(An)、双间柱顶孢(Sd)、肉毒杆菌(Cb)、蓝细菌Scytonema hofmanni(Sh)、真菌Geosmithia virida(Gv)、平青霉(Po)和丝状真菌Barrmaelia oxyacanthae(Bo)等。

其中T4噬菌体(T4)、鱼腥藻(An)I型内含子衍生的PIE环化平台具有较高的环化效率,是最常用的circRNA技术平台。

I型内含子PIE序列 (示例):

I型内含子来源 PIE序列
T4噬菌体(T4) 3’intron:
GCCTAACGACTATCCCTTTGGGGAGTAGGGTCAAGTGACTCGAAACGATAGACAA
CTTGCTTTAACAAGTTGGAGATATAGTCTGCTCTGCATGGTGACATGCAGCTGGAT
ATAATTCCGGGGTAAGATTAACGACCTTATCTGAACATAATG
E2: CTACCGTTTAATATTGCGTCA
E1: AGATGTTTTCTTGGGT
5’intron:
TAATTGAGGCCTGAGTATAAGGTGACTTATACTTGTAATCTATCTAAACGGGGAACC
TCTCTAGTAGACAATCCCGTGCTAAATTGTAGGACT
鱼腥藻(An) 3’intron:
AACAATAGATGACTTACAACTAATCGGAAGGTGCAGAGACTCGACGGGAGCTACCCT
AACGTCAAGACGAGGGTAAAGAGAGAGTCCAATTCTCAAAGCCAATAGGCAGTAGC
GAAAGCTGCAAGAGAATG
E2: AAAATCCGTTGACCTTAAACGGTCGTGTGGGTTCAAGT
E1: AGACGCTACGGACTT
5’intron:
AAATAATTGAGCCTTAAAGAAGAAATTCTTTAAGTGGATGCTCTCAAACTCAGGGAAA
CCTAAATCTAGTTATAGACAAGGCAATCCTGAGCCAAGCCGAAGTAGTAATTAGTAAG