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可编码circRNA的目标序列元件包括辅助翻译元件(通常为IRES,内部核糖体进入位点)和目标蛋白编码序列(CDS)。多篇研究显示,IRES影响编码序列在不同靶组织/细胞的表达。
IRES设计策略通常为直接采用天然序列,筛选不同物种来源的IRES序列可能是提高circRNA翻译水平的有效措施。也有研究通过随机突变的方式改造IRES序列,实现circRNA蛋白表达水平的提升。
IRESbase数据库(http://www.iresite.org)收录了多种来源的IRES序列,数据来源为已发表文献中经过实验验证的 IRES序列,包含病毒、人类、其他真核物种等天然来源以及合成的序列。